Nextstrain / ncov / open / global / 6m

Genomic epidemiology of SARS-CoV-2 with subsampling focused globally over the past 6 months

Built with nextstrain/ncov. Maintained by the Nextstrain team. Data updated 2025-03-30. Enabled by data from GenBank.

Showing 4413 of 4413 genomes sampled between Dec 2019 and Mar 2025.

Phylogeny

Geography

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Leaflet | © Mapbox © OpenStreetMap Improve this map

Compiled Nextstrain SARS-CoV-2 resources are available at nextstrain.org/sars-cov-2. Follow @nextstrain for updates.

This phylogeny shows evolutionary relationships of circulating SARS-CoV-2 viruses. Although the genetic relationships among sampled viruses are generally quite clear, there is considerable uncertainty surrounding estimates of specific transmission dates and in reconstruction of geographic spread. Please be aware that specific inferred geographic transmission patterns and temporal estimates are only a hypothesis.

There are millions of complete SARS-CoV-2 genomes available on open databases and this number increases every day. This visualization can only handle ~4000 genomes in a single view for performance and legibility reasons. Because of this we subsample available genome data for our analysis views. We provision multiple views to focus subsampling on different geographic regions and different time periods. These views are available through the "Dataset" dropdown on the left or by clicking on the following links:

	past 1 month	past 2 months	past 6 months	all time
global	global/1m	global/2m	global/6m	global/all-time
Africa	africa/1m	africa/2m	africa/6m	africa/all-time
Asia	asia/1m	asia/2m	asia/6m	asia/all-time
Europe	europe/1m	europe/2m	europe/6m	europe/all-time
North America	north-america/1m	north-america/2m	north-america/6m	north-america/all-time
Oceania	oceania/1m	oceania/2m	oceania/6m	oceania/all-time
South America	south-america/1m	south-america/2m	south-america/6m	south-america/all-time

Site numbering and genome structure uses Wuhan-Hu-1/2019 as reference. The phylogeny is rooted relative to early samples from Wuhan. Temporal resolution assumes a nucleotide substitution rate of 8 × 10^-4 subs per site per year. MLR lineage fitness is fetched from the frequency analysis at nextstrain.org/sars-cov-2/forecasts and indicates the relative growth advantage of circulating Pango lineages. Immune escape vs BA.2 is estimated using the RBD antibody escape calculator maintained by Jesse Bloom. Full details on bioinformatic processing can be found here.

The analysis on this page uses sequence data from NCBI GenBank and the Robert Koch Institute (RKI). Data from NCBI Genbank follows Open Data principles, such that we can make input data and intermediate files available for further analysis. Open Data is data that can be freely used, re-used and redistributed by anyone - subject only, at most, to the requirement to attribute and sharealike. Data from RKI is provided via a CC-BY 4.0 license, which is useable under similar terms. Please be aware that not all regions are well represented in open databases and some of the above trees might lack recent data from particular geographic regions. Some UK metadata is augmented with data available from COG-UK (via CLIMB).

We gratefully acknowledge the authors, originating and submitting laboratories of the genetic sequences and metadata for sharing their work in open databases. Please note that although data generators have generously shared data in an open fashion, that does not mean there should be free license to publish on this data. Data generators should be cited where possible and collaborations should be sought in some circumstances. Please try to avoid scooping someone else's work. Reach out if uncertain. An attribution table is available by clicking on "Download Data" at the bottom of the page and then clicking on "Strain Metadata" in the resulting dialog box.

To maximize the utility and visibility of these generously shared data, we provide preprocessed files that can serve as a starting point for additional analyses.

All sequences and metadata

Subsampled sequences and intermediate files

The files below exist for every region (global, africa, asia, europe, north-america, oceania and south-america) and correspond to each region's 6 month timespan build (e.g. global/6m, africa/6m, asia/6m, etc). Files for the 2m and all-time builds (e.g. global/2m, global/all-time, etc.) are not yet available. The links below refer to the global region; substitute global with another region name in the links if desired.

Screenshots may be used under a CC-BY-4.0 license and attribution to nextstrain.org must be provided.

Filter by Clade (n=44)

Filter by Emerging Lineage (n=45)

Filter by Pangolin Pango Lineage (n=439)

A (11)

A.1 (1)

A.2 (2)

A.2.5 (2)

A.23.1 (3)

A.24 (1)

A.6 (1)

AY.1 (2)

AY.100 (1)

AY.103 (1)

AY.113 (1)

AY.120 (1)

AY.121 (2)

AY.122 (6)

AY.122.4 (1)

AY.122.5 (1)

AY.126 (3)

AY.127 (2)

AY.129 (1)

AY.131 (1)

AY.133 (1)

AY.20 (1)

AY.23 (1)

AY.25.1 (1)

AY.26 (1)

AY.29 (2)

AY.3 (3)

AY.31 (2)

AY.32 (1)

AY.33 (1)

AY.36 (5)

AY.39 (1)

AY.4 (1)

AY.4.2.1 (1)

AY.43 (7)

AY.43.2 (1)

AY.44 (1)

AY.45 (1)

AY.57 (5)

AY.69 (1)

AY.75 (1)

AY.77 (1)

AY.84 (1)

AY.99.2 (2)

B (19)

B.1 (53)

B.1.1 (36)

B.1.1.1 (6)

B.1.1.198 (1)

B.1.1.216 (3)

B.1.1.222 (2)

B.1.1.25 (3)

B.1.1.254 (1)

B.1.1.28 (3)

B.1.1.284 (1)

B.1.1.294 (1)

B.1.1.306 (5)

B.1.1.312 (1)

B.1.1.318 (1)

B.1.1.33 (1)

B.1.1.332 (1)

B.1.1.366 (1)

B.1.1.413 (1)

B.1.1.459 (1)

B.1.1.485 (1)

B.1.1.487 (1)

B.1.1.50 (2)

B.1.1.519 (1)

B.1.1.63 (2)

B.1.1.7 (45)

B.1.110.3 (2)

B.1.111 (2)

B.1.113 (1)

B.1.160 (3)

B.1.177 (2)

B.1.177.6 (1)

B.1.195 (1)

B.1.2 (1)

B.1.210 (3)

B.1.213 (1)

B.1.232 (1)

B.1.243 (1)

B.1.258 (1)

B.1.280 (1)

B.1.306 (1)

B.1.336 (1)

B.1.351 (16)

B.1.36 (6)

B.1.36.10 (1)

B.1.36.16 (1)

B.1.36.27 (1)

B.1.36.29 (4)

B.1.36.7 (2)

B.1.36.8 (8)

B.1.362 (1)

B.1.367 (1)

B.1.378 (2)

B.1.399 (1)

B.1.416 (1)

B.1.427 (1)

B.1.428 (1)

B.1.441 (1)

B.1.465 (1)

B.1.466.2 (4)

B.1.470 (2)

B.1.471 (3)

B.1.497 (1)

B.1.499 (1)

B.1.504 (2)

B.1.524 (1)

B.1.525 (7)

B.1.526 (2)

B.1.560 (2)

B.1.617 (1)

B.1.617.2 (49)

B.1.619 (1)

B.1.620 (1)

B.1.621 (1)

B.1.625 (1)

B.1.9 (1)

B.1.9.5 (1)

B.4 (4)

B.40 (1)

B.53 (1)

B.6 (4)

BA.1 (12)

BA.1.1 (17)

BA.1.1.1 (2)

BA.1.1.14 (1)

BA.1.1.16 (1)

BA.1.1.2 (2)

BA.1.1.7 (1)

BA.1.15 (2)

BA.1.17 (4)

BA.1.19 (1)

BA.1.20 (1)

BA.2 (18)

BA.2.10 (6)

BA.2.10.1 (2)

BA.2.12.1 (2)

BA.2.2 (1)

BA.2.2.1 (7)

BA.2.23 (2)

BA.2.3 (4)

BA.2.3.13 (1)

BA.2.3.2 (1)

BA.2.40.1 (1)

BA.2.43 (5)

BA.2.65 (1)

BA.2.74 (1)

BA.2.75 (2)

BA.2.75.10 (1)

BA.2.76 (1)

BA.2.9 (4)

BA.4 (1)

BA.4.1 (4)

BA.4.1.1 (3)

BA.4.1.8 (1)

BA.4.2 (1)

BA.4.6.1 (1)

BA.5.1.3 (1)

BA.5.1.30 (1)

BA.5.1.38 (1)

BA.5.2 (7)

BA.5.2.1 (11)

BA.5.2.18 (1)

BA.5.2.20 (1)

BA.5.2.36 (2)

BA.5.2.38 (1)

BA.5.2.48 (1)

BA.5.2.57 (1)

BA.5.2.6 (1)

BA.5.2.7 (1)

BA.5.3 (1)

BA.5.6 (1)

BE.1 (1)

BF.14 (1)

BF.2 (1)

BF.27 (1)

BF.3 (2)

BF.7.14 (4)

BF.7.14.5 (1)

BF.7.14.6 (2)

BF.8 (1)

BJ.1 (1)

BL.1 (2)

BM.1.1.3 (1)

BN.1.3.6 (1)

BN.1.3.9 (2)

BN.6 (1)

BQ.1 (1)

BQ.1.1 (4)

BQ.1.1.23 (1)

BQ.1.1.3 (1)

BQ.1.1.36 (1)

BQ.1.1.63 (1)

BQ.1.1.77 (1)

BQ.1.2.3 (1)

BQ.1.5 (1)

C.36 (4)

C.37 (1)

CK.1 (1)

D.2 (1)

DY.2 (7)

DY.3 (13)

DY.4 (1)

ED.1 (1)

EG.1 (1)

EG.5.1.1 (3)

EG.5.1.4 (2)

EG.5.1.6 (1)

FD.2 (1)

FE.1.1 (1)

FL.10 (1)

FL.13.1 (1)

FL.13.2 (1)

FL.15.4 (1)

FL.2.3 (1)

FL.3.2 (1)

FL.4 (5)

FL.4.6 (1)

FP.4 (1)

FY.3.1 (1)

FY.3.2 (1)

FY.4.2 (1)

GE.1 (1)

GE.1.3 (1)

GW.1 (1)

GW.5 (1)

GY.2.1 (1)

HA.2 (1)

HK.3 (3)

HK.30 (1)

HN.1 (1)

HV.1 (1)

JD.2 (1)

JN.1 (3)

JN.1.1 (6)

JN.1.1.3 (1)

JN.1.11 (3)

JN.1.16 (1)

JN.1.16.1 (15)

JN.1.16.5 (2)

JN.1.18 (1)

JN.1.18.3 (1)

JN.1.18.6 (13)

JN.1.2 (1)

JN.1.39 (1)

JN.1.4 (2)

JN.1.55 (1)

JN.1.67.1 (1)

JN.1.7.3 (1)

K.2 (1)

KP.1.1 (1)

KP.1.1.1 (2)

KP.1.1.3 (3)

KP.2 (2)

KP.2.14 (2)

KP.2.2 (3)

KP.2.2.1 (2)

KP.2.2.2 (1)

KP.2.25.2 (1)

KP.2.3 (29)

KP.2.3.10 (1)

KP.2.3.11 (4)

KP.2.3.12 (15)

KP.2.3.3 (1)

KP.2.3.5 (2)

KP.2.3.6 (2)

KP.3 (8)

KP.3.1 (13)

KP.3.1.1 (662)

KP.3.1.2 (1)

KP.3.1.8 (1)

KP.3.1.9 (1)

KP.3.2 (1)

KP.3.2.1 (1)

KP.3.2.3 (3)

KP.3.2.6 (1)

KP.3.2.8 (3)

KP.3.3 (37)

KP.3.3.1 (6)

KP.3.3.2 (5)

KP.3.3.3 (14)

KP.3.3.4 (7)

KP.3.3.5 (1)

KP.3.6 (1)

KP.3.7 (2)

KS.1 (4)

KS.1.1 (2)

KS.1.1.2 (4)

L.3 (2)

LB.1 (6)

LB.1.2.1 (3)

LB.1.2.2 (2)

LB.1.2.3 (1)

LB.1.3 (4)

LB.1.3.1 (71)

LB.1.3.2 (4)

LB.1.4 (1)

LB.1.7 (3)

LB.1.7.1 (1)

LB.1.8 (1)

LB.1.9 (1)

LF.4.1 (1)

LF.7 (35)

LF.7.1 (26)

LF.7.1.1 (4)

LF.7.1.2 (8)

LF.7.1.3 (8)

LF.7.2 (1)

LF.7.2.1 (11)

LF.7.3 (12)

LF.7.3.1 (2)

LF.7.6 (1)

LF.9.1 (1)

LP.1 (3)

LP.1.1 (1)

LP.1.2 (2)

LP.4 (2)

LP.5 (1)

LP.6 (1)

LP.8.1 (233)

LP.8.1.1 (2)

LP.8.2 (2)

LP.9 (1)

MA.1 (2)

MB.1.1.2 (2)

MC.1 (86)

MC.1.1 (8)

MC.1.3.1 (2)

MC.10 (17)

MC.10.1 (92)

MC.10.2 (13)

MC.11 (21)

MC.12 (1)

MC.13 (50)

MC.13.2 (7)

MC.14 (2)

MC.15 (4)

MC.16 (43)

MC.17 (5)

MC.19 (41)

MC.2 (12)

MC.2.1 (24)

MC.20 (3)

MC.21 (2)

MC.21.1 (37)

MC.22 (11)

MC.23 (1)

MC.24 (11)

MC.28.1 (1)

MC.3 (2)

MC.4 (4)

MC.5 (2)

MC.6 (12)

MC.8 (7)

MC.8.1 (15)

MC.9 (15)

MG.2 (1)

MH.1 (1)

MJ.1 (7)

MQ.1 (1)

MT.1 (1)

MU.1 (6)

MU.2 (1)

MU.3 (1)

MV.1 (15)

MY.1 (1)

NA.1 (3)

NB.1 (8)

NC.1 (6)

ND.1.1 (1)

ND.2 (1)

NF.1 (20)

NG.1 (2)

NL.1 (1)

NL.2 (8)

NL.3 (9)

NL.4 (3)

NL.5 (6)

NL.6 (27)

NM.1 (1)

NP.1 (1)

NV.1 (1)

P.1 (7)

P.1.15 (1)

P.1.2 (1)

P.1.4 (1)

P.2 (1)

R.1 (3)

XBB (2)

XBB.1 (8)

XBB.1.16 (3)

XBB.1.16.1 (2)

XBB.1.16.2 (2)

XBB.1.16.4 (1)

XBB.1.18.1 (1)

XBB.1.5 (4)

XBB.1.5.17 (1)

XBB.1.5.18 (1)

XBB.1.5.37 (1)

XBB.1.9 (1)

XBB.1.9.1 (2)

XBB.1.9.5 (1)

XBB.2 (1)

XBB.2.8 (1)

XBB.3 (5)

XBB.5 (1)

XBD (1)

XBF.3 (1)

XDV.1.7 (1)

XDY (20)

XDY.1 (1)

XEC (1110)

XEC.1 (16)

XEC.13 (4)

XEC.14 (9)

XEC.15 (5)

XEC.16 (2)

XEC.2 (200)

XEC.2.1 (1)

XEC.2.2 (4)

XEC.2.3 (2)

XEC.3 (2)

XEC.4 (62)

XEC.5 (25)

XEC.6 (4)

XEC.7 (1)

XEC.8 (11)

XEF (3)

XEH (1)

XEJ (1)

XEK (83)

XEK.1 (17)

XEK.2 (3)

XEL (7)

XEN (6)

XEP (18)

Filter by Nextclade Pango Lineage (n=519)

A (16)

A.1 (1)

A.2 (1)

A.2.5.1 (2)

A.23.1 (3)

AY.1 (2)

AY.100 (1)

AY.103 (1)

AY.113 (1)

AY.120 (1)

AY.121 (2)

AY.122 (8)

AY.126 (3)

AY.127 (2)

AY.129 (1)

AY.131 (1)

AY.133 (1)

AY.20.1 (1)

AY.23 (1)

AY.25.1 (1)

AY.29 (2)

AY.3 (3)

AY.32 (1)

AY.33 (1)

AY.36 (5)

AY.39 (1)

AY.4.2.1 (1)

AY.4.7 (1)

AY.43 (7)

AY.43.2 (1)

AY.44 (1)

AY.45 (1)

AY.57 (5)

AY.69 (1)

AY.75 (1)

AY.77 (1)

AY.84 (1)

AY.99 (1)

AY.99.2 (2)

B (18)

B.1 (61)

B.1.1 (45)

B.1.1.1 (6)

B.1.1.10 (1)

B.1.1.198 (1)

B.1.1.216 (3)

B.1.1.28 (3)

B.1.1.284 (1)

B.1.1.294 (1)

B.1.1.306 (5)

B.1.1.312 (1)

B.1.1.318 (1)

B.1.1.33 (1)

B.1.1.332 (1)

B.1.1.413 (2)

B.1.1.459 (1)

B.1.1.485 (2)

B.1.1.50 (2)

B.1.1.519 (1)

B.1.1.63 (2)

B.1.1.7 (45)

B.1.110.3 (2)

B.1.111 (2)

B.1.143 (1)

B.1.160 (3)

B.1.177 (3)

B.1.195 (1)

B.1.2 (1)

B.1.210 (3)

B.1.232 (1)

B.1.243 (1)

B.1.258 (2)

B.1.351 (16)

B.1.36 (8)

B.1.36.16 (1)

B.1.36.29 (4)

B.1.36.7 (2)

B.1.36.8 (8)

B.1.362 (1)

B.1.367 (1)

B.1.399 (1)

B.1.427 (1)

B.1.428 (1)

B.1.441 (1)

B.1.465 (2)

B.1.466.2 (4)

B.1.470 (1)

B.1.471 (3)

B.1.497 (1)

B.1.499 (1)

B.1.524 (1)

B.1.525 (7)

B.1.526 (2)

B.1.617.1 (1)

B.1.617.2 (51)

B.1.619 (1)

B.1.620 (1)

B.1.621 (1)

B.1.625 (1)

B.1.9 (2)

B.4 (4)

B.40 (1)

B.6 (4)

BA.1 (12)

BA.1.1 (17)

BA.1.1.1 (2)

BA.1.1.14 (1)

BA.1.1.16 (1)

BA.1.1.2 (2)

BA.1.1.7 (1)

BA.1.15 (2)

BA.1.17 (4)

BA.1.19 (1)

BA.1.20 (1)

BA.2 (18)

BA.2.10 (5)

BA.2.10.1 (2)

BA.2.12.1 (2)

BA.2.2 (1)

BA.2.2.1 (7)

BA.2.23 (2)

BA.2.3 (4)

BA.2.3.13 (1)

BA.2.3.2 (1)

BA.2.40.1 (1)

BA.2.43 (5)

BA.2.65 (1)

BA.2.74 (1)

BA.2.75 (2)

BA.2.75.10 (1)

BA.2.76 (1)

BA.2.9 (4)

BA.4 (1)

BA.4.1 (4)

BA.4.1.1 (3)

BA.4.1.8 (1)

BA.4.2 (1)

BA.4.6.1 (1)

BA.5.1.3 (1)

BA.5.1.30 (1)

BA.5.1.38 (1)

BA.5.2 (9)

BA.5.2.1 (11)

BA.5.2.18 (1)

BA.5.2.20 (1)

BA.5.2.36 (2)

BA.5.2.6 (1)

BA.5.2.7 (1)

BA.5.3 (1)

BA.5.6 (1)

BE.1 (1)

BF.14 (1)

BF.2 (1)

BF.27 (1)

BF.3 (2)

BF.7.14 (3)

BF.7.14.5 (1)

BF.7.14.6 (3)

BF.8 (1)

BJ.1 (1)

BL.1 (2)

BM.1.1.3 (1)

BN.1.3.6 (1)

BN.1.3.9 (2)

BN.6 (1)

BQ.1 (1)

BQ.1.1 (4)

BQ.1.1.23 (1)

BQ.1.1.3 (1)

BQ.1.1.36 (1)

BQ.1.1.63 (1)

BQ.1.1.77 (1)

BQ.1.2.3 (1)

BQ.1.5 (1)

C.36 (4)

C.37 (1)

CK.1 (1)

D.2 (1)

DY.2 (7)

DY.3 (14)

DY.4 (1)

ED.1 (1)

EG.1 (1)

EG.5.1.1 (3)

EG.5.1.4 (2)

FD.2 (1)

FE.1.1 (1)

FL.10 (1)

FL.13.1 (1)

FL.13.2 (1)

FL.15 (1)

FL.2.3 (1)

FL.3.2 (1)

FL.4 (5)

FL.4.6 (1)

FP.4 (1)

FY.3.1 (1)

FY.3.2 (1)

FY.4.2 (1)

GE.1 (1)

GE.1.3 (1)

GW.1 (1)

GW.5.2 (1)

GY.2.1 (1)

HA.2 (1)

HK.3 (3)

HK.30 (1)

HN.1 (1)

HV.1 (2)

JD.2 (1)

JN.1 (1)

JN.1.1 (6)

JN.1.1.3 (1)

JN.1.11.1 (1)

JN.1.16.1 (1)

JN.1.16.5 (2)

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